Có nhiều nguyên nhân gây viêm đường tiết niệu ở nam giới. Ở nam thanh niên, các bệnh lây truyền qua đường tình dục là nguyên nhân phổ biến gây nhiễm trùng tiểu, cùng với các thủ thuật và phẫu thuật tiết niệu gần đây. Đàn ông có bất thường bẩm sinh ở đường tiết niệu cũng có nguy cơ mắc UTI cao hơn.

Ở nam giới lớn tuổi với tăng sản tuyến tiền liệt lành tính (BPH), sự tắc nghẽn dòng nước tiểu có thể khiến chúng phát triển UTI. Đàn ông mắc các bệnh lý như tiểu đường cũng có thể có nguy cơ mắc UTI cao hơn vì lượng đường trong nước tiểu có lợi cho vi khuẩn phát triển. Các tình trạng khác có thể dẫn đến nhiễm trùng tiểu ở nam giới bao gồm bàng quang yếu do tuổi già hoặc chấn thương tủy sống trước đó dẫn đến việc làm rỗng bàng quang không hoàn toàn.

Sỏi thận cũng được biết là nguyên nhân gây ra nhiễm trùng tiểu, đặc biệt là khi chúng gây tắc nghẽn dòng nước tiểu.